प्रत्येक वर्ष चैत शुक्ल अष्टमीको दिनबाट रथयात्रा सुरु गरिन्छ । काठमाडौंको पुरानो बस्ती भएको सहरको भित्री भाग हुँदै चल्ने यो रथयात्रा तीन दिनसम्म चलाउने गरिन्छ । असन, वसन्तपुर, जैसीदेवल, लगन हुँदै पुनः रथयात्रा मच्छेन्द्रबहालमा ल्याएर अन्त्य गरिन्छ । शनिबार पहिलो दिन सेतो मच्छिन्द्रनाथलाई जमलबाट असनसम्म पुर्‍याइन्छ । अर्को दिन असनबाट हनुमान ढोका अगाडिसम्म र त्यसको भोलिपल्ट अर्थात् तेस्रो दिन मच्छिन्द्रनाथको रथ तानेर हनुमान ढोकाबाट लगनसम्म लैजाने चलन छ ।

रथ लगनमा पुगेपछि त्यहाँ रहेको मच्छिन्द्रनाथकी आमाको मन्दिर र मां सीमा नामक रुखलाई तीनपटक परिक्रमा गराई जात्राको समापन गरिन्छ । मच्छिन्द्रनाथको रथ लगन टोलमा रथ पुगेपछि जीवित देवी कुमारीलाई सानो खटमा राखी बोकेर बाजा बजाउँदै ल्याई लगन चोकमा जात्रा देखाउने चलन छ ।